Η εφαρμογή του Γενικού Συστήματος Υγείας (ΓΕΣΥ) αποτελεί αδιαμφισβήτητα μεγάλη και καλοδεχούμενη μεταρρύθμιση στον τομέα της υγείας. Κάθε μεταρρύθμιση όμως δημιουργεί προκλήσεις όσον αφορά την ομαλή εφαρμογή της στον τομέα που αφορά. Στην περίπτωση του ΓΕΣΥ, εκτός από τα προβλήματα που έχουν δημιουργηθεί όσον αφορά την εσωτερική του δομή, το εύρος υπηρεσιών και την αποτελεσματικότητα του, έχουν δημιουργηθεί και πολύ σοβαρά νομικά προβλήματα λόγω των πολύ ευαίσθητων πληροφοριών που κατέχονται από τους γιατρούς του ΓΕΣΥ και αφορούν τους ασθενείς.